在葡萄酒环境中，醋酸菌能够代谢酒中的碳水化合物、醇类、有机酸等成分，了解醋酸菌的代谢和生长规律，对于认识和控制醋酸菌的危害，具有重要意义。 碳水化合物 醋酸菌缺乏EMP途径的相关酶系，可以通过HMP途径对己糖和戊糖进行氧化代谢，生成醋酸和乳酸。醋酸杆菌属还能通过TCA循环继续把醋酸和乳酸氧化成CO2和H2O，葡萄糖杆菌属的却可以氧化多种糖类和糖醇生成山梨糖、二羟丙酮、葡萄糖酸等。 二羟丙酮、2，3—丁二醇和乙偶姻也是醋酸菌对碳水化合物代谢的主要副产物之一，其中乙偶姻是影响葡萄酒感官质量的重要风味物质。在被氧化葡萄糖杆菌感染的葡萄汁中，会产生大量的葡萄糖酸，可达60g/L—70g/L。 是葡萄酒的重要组成成分之一，是在酒精发酵过程中产生的，在酒中的浓度一般在3g/L—14g/L。醋酸菌对的氧化，造成含量降低、二羟丙酮含量提高。二羟丙酮具有甜香的气味和清凉的口感，但它能和氨基酸如脯氨酸结合，生成有强烈的酒脚味，从而影响葡萄酒的感官质量。 酒精 醋酸菌能够氧化酒精产生醋酸，造成葡萄酒的败坏。 首先，乙醇被氧化（乙醇脱氢酶）生成乙醛，然后乙醛再被氧化（乙醛脱氢酶）生成醋酸。影响乙醇氧化成醋酸有诸多环境因素。例如SO2可与乙醛结合，阻止其进一步氧化，造成乙醛积累；乙醇浓度超过10%时，抑制醋酸菌生长，钝化其氧化酒精的能力，引起乙醛积累；酒精氧化的较适pH5.0；溶氧浓度低时，也可造成乙醛积累。 其他醇类 糖醇类如D—甘露醇、山梨醇、赤鲜糖醇、木糖醇等都是葡萄酒中含量较低的组分，对葡萄酒的酒体和感官质量都有影响，醋酸菌可以氧化这些醇类（糖醇脱氢酶），生成相应的糖类，从而影响酒质。 有机酸 乳酸、丙酮酸、醋酸、苹果酸、琥珀酸、柠檬酸、富马酸等能被醋酸菌彻底氧化成CO2和H2O。 乳酸被醋酸菌氧化生成乙偶姻，乙偶姻是具有奶油气味的挥发性物质，它对葡萄酒质量的影响取决于其含量，较高含量的乙偶姻是葡萄酒败坏的标志。
